為因應國家經濟發展暨積極推動我國現代化交通建設，本校於民國62年成立海洋運輸學系及航運技術學系（分航海與輪機兩組），復於翌年成立運輸管理學系，以培養海陸空及都市運輸等方面之工程與管理人才。民國65年，成立運輸工程研究所，以培育都市及陸海空運輸工程與管理之中、高級專業人才，因應國家經濟發展與建設之需要。嗣因鑒於交通運輸涉及之學域甚廣，非僅工程一義所能涵蓋，為符合實際乃於民國68年奉准更名為交通運輸研究所。民國69年將海洋運輸學系與運輸管理學系兩系調整合併更名為運輸工程與管理學系。民國76年起奉准增設博士班，民國90年起為因應產業全球化及供應鏈與需求鏈管理之發展趨勢，更進一步增設運輸物流專班，以配合產業界之需求，培養運輸與物流領域之中、高階人才。